Die Isar hingegen ist ein Wildfluss und damit kein offizielles EU-Badegewässer; eine gleichbleibende Wasserqualität kann nicht garantiert werden. Das RGU untersucht die Isar in regelmäßigen Abständen auf freiwilliger Basis. Dies ist dann der Fall, wenn über einen längeren Zeitraum sommerliche Außentemperaturen herrschen und tatsächlich gebadet wird. Das RGU weist darauf hin, dass das Baden an der Isar grundsätzlich auf eigene Gefahr erfolgt.
Für ein ungetrübtes Badevergnügen in München bittet die Landeshauptstadt alle Bürgerinnen und Bürger, keine Essensreste und andere Abfälle auf den Liegewiesen zu hinterlassen. Wasservögel dürfen nicht gefüttert werden. Hunde sind auf Spiel- und Liegewiesen nicht gestattet.