Die Münchner Stadtentwässerung (MSE) sorgt auch weiterhin dafür, dass das Abwasser der Umlandgemeinden über das städtische Kanalnetz abgeleitet und in den städtischen Klärwerken gereinigt wird. Den anfallenden Klärschlamm entsorgt die MSE ebenfalls. Die Vollversammlung des Stadtrats hat am 4. März die entsprechende Neufassung der Zweckvereinbarungen beschlossen; zuvor hatte der Ausschuss für Stadtentwässerung den Beschluss genehmigt.
Das Vertragswerk, das etwa 250.000 Einwohnerinnen und Einwohner im Umland betrifft, kam nach intensiven Verhandlungen zustande und setzt die bisherige Kooperation erfolgreich fort; Grundlage ist das Gesetz zur Kommunalen Zusammenarbeit. Jährlich übernimmt die Münchner Stadt- entwässerung zirka 13 Millionen Kubikmeter Schmutzwasser gegen
Kostenerstattung.
Die Regionalkontakte der Stadtentwässerung München begannen bereits vor dem 2. Weltkrieg und wurden fortlaufend intensiviert. Im Laufe der Zeit entwickelte sich eine partnerschaftliche Zusammenarbeit, die auch die neuen Zweckvereinbarungen prägt. Bereits 1950 wurde bei der damaligen „Planungsgemeinschaft Äußerer Wirtschaftsraum München“ die Abwasserbeseitigung im Außenraum von München besprochen. 1956 kam es zum ersten Anschlussvertrag mit der Gemeinde Unterhaching, die seitdem ihr Abwasser in das städtische Kanalnetz einleitet. Es folgten in der südlichen Region 1961 die Gemeinde Pullach und daran anschließend die Gemeinden Haar, Grünwald und Neuried, der Würmtal-Zweckverband, der Zweckverband zur Abwasserbeseitigung im Hachinger Tal und Anfang der 70-er Jahre der Zweckverband München Südost sowie die Gemeinde Baierbrunn. Ende der 80-er Jahre traten vor dem Hintergrund einer gesicherten Abwasserbeseitigung weitere Gemeinden bis hin zur südlichen Landkreisgrenze (Sauerlach, Aying, Brunnthal) dem Zweckverband München Südost bei oder leiteten ihr Abwasser ein.