Die Deutsche Bahn AG hat die bereits genehmigten Planungen für die zweite Stammstrecke optimiert. Der Grund sind geänderte Rahmenbedingungen und Weiterentwicklungen bei der Ausführungsplanung mit den ausführenden Firmen. Die Optimierungen sind jetzt im Ausschuss für Stadtplanung und Bauordnung bekannt gegeben worden. Zum einen wird die geplante Station der zweiten Stammstrecke am Hauptbahnhof durch einen Vorhaltebaukörper für die U9 ergänzt. Die „Entlastungsspange U9“ ist eine 10,5 Kilometer lange U-Bahn-Strecke, die von der Impler-/Poccistraße bis zur Dietlindenstraße führen soll. Die Planungen in jene zur zweiten Stammstrecke und zum neuen Hauptbahnhof zu integrieren, soll Synergien schaffen sowie eine wirtschaftlichere Bauweise und eine kürzere Bauzeit ermöglichen. Zum anderen wird die am Ostbahnhof vorgesehene Station der zweiten Stammstrecke unter dem Orleansplatz auf die Ostseite in die Friedenstraße verlegt. Der Standort ermöglicht eine Kapazitätserweiterung der Station, bei weniger Betroffenheiten. Zudem ist aufgrund der neuen Tieflage von nur 16 Metern eine wirtschaftlichere Bauweise möglich, da die Bauarbeiten schneller vonstatten gehen können. Mit der Verlegung der Station muss auch die Trassenführung der Tunnel östlich der Isar geändert werden. Am Ostbahnhof soll es dann einen zweiten durchgehenden Fußgängertunnel in Richtung Konzertsaal geben.
Die Optimierungen der Deutschen Bahn sehen außerdem ein neues Flucht- und Rettungskonzept mit einem Wartungs- und Rettungsstollen zwischen den beiden unterirdischen Streckenröhren der zweiten Stammstrecke vor. Mehrere Rettungsschächte in der Innenstadt können dadurch entfallen und somit Betroffenheiten verringert werden. Um die Störanfälligkeit im laufenden S-Bahn-Betrieb zu verringern, soll bis 2023 ein neues elektronisches Stellwerk im Münchner Osten gebaut werden. Die Landeshauptstadt München wird die DB und den Freistaat Bayern unter Beachtung ihrer eigenen Belange weiterhin unterstützen, damit die zweite Stammstrecke, die für eine Stärkung des öffentlichen Personenverkehrs dringend erforderlich ist, schnellstmöglich gebaut und fertiggestellt werden kann.